Otočje NP Kornati obuhvaća (kao što je poznato) 89 otoka otočića i hridi. Taj veliki broj otoka , različite geomorfološke osobine, njihov oblik, klimatski uvjeti, strmci (krune) na vanjskom nizu otoka čine kornatsko otočje osebujnim, što se očituje u flori i vegetaciji.
Na ovu osebujnost utjecali su brojni činitelji bilo u daljnjoj ili bližoj geološkoj prošlosti, a tijekom povjesti oblikovalo se u vrlo zanimljiv i jedinstven prostor.
U prirodoznanstvenom, osobito u biogeografskom pogledu kornatsko otočje pripada jednom zasebnom jadranskom vegetacijskom sektoru mediteranske regije za koju je značajno međusobno udruživanje biljaka istočno mediteranskog i zapadno mediteranskog flornog elementa koje ovdje imaju zapadne, odnosno istočne granice svojih areala, te s jedne strane s opće mediteranskim i s druge strane posebnim endemičnim biljkama, dok vegetacijsko-fitogeogafski pripadaju eumediteranskoj zoni crnike.
Kornati su nekada bili pokriveni šumom crnike koje su kroz stoljeća (kao i drugdje na Mediteranu) ljudi svojim djelovanjem pretvorili u kamenjarske pašnjake.
Današnja vegetacija mogla bi se svrstati u dvadesetak biljnih zajednica od kojih su neke samo fragmentarno zastupljene. Među značajnijim zajednicama mogu se navesti:
- Vegetacija pukotina stijena (hazmofitska vegetacija) - zajednica busine i dubrovačke zečine (Phagnalo-Centaureetum ragusinae) vezana za vapnenačke stijene eumediteranskog vegetacijskog pojasa s karakterističnom vrstom dubrovačkom zečinom (Centaurea ragusina) kao ilirsko - jadranskim endemom. Stanište dubrovačke zečine su pukotine okomitih karbonatnih stjena (područje strmaca vanjskih otoka). Ova endemska zajednica relativno je siromašna vrstama zbog jako ekstremnih ekoloških uvjeta (izloženost zaslanjivanju, suncu, jakom vjetru) i čini posebnost kornatskog područja.
- Vegetacija vapnenačkih obalnih grebena (halofilna vegetacija) - zajednica uskolisnog trputca i mrižice (Plantagini-Limonietum cancellati) s karakterističnim vrstama: uskolisni trputac (Plantago holosteum) i rešetkasta mrižica (Limonium cancellatum).
- Sastojine drvenaste mlječike (Euphorbia dendroides). Ova vrsta kod nas i u čitavom Sredozemlju čini posebnu zajednicu Oleo-Euphorbietum dendroidis i zadržava se u okvirima strogo određenih ekoloških uvjeta (topline i suše). Ima jedna zanimljiva posebnost kod drvenaste mlječike, a to je da ima «afrički mentalitet». Kroz jesen i zimu lista i cvate, u kasno proljeće odbacuje lišće, a ljeti ostaje gotovo sasvim gola. Takvo ponašanje je karakteristično za neke biljke sjeverne Afrike, gdje suša prekida vegetaciju, a ne hladnoća.
- Šumska zajednica mirte i crnike (Myrto-Quercetum ilicis) sa svojim degradacijskim stadijima.
- Ruderalna nitrofilna zajednica pašnjaka dragušice i bijelog tetrljana s mogorušem (Scolymo-Marrubietum incani-brachypodietosum ramosi) Ova zajednica javlja se na mjestima pretjerane ispaše i prevladavaju pretežito bodljikave vrste.
Možda bi malo više pažnje trebalo posvetiti vegetaciji kamenjarskih pašnjaka, kao najraširenijoj na kornatskom otočju, posebno na otoku Kornatu. Dakle, za ovo eumediteransko područje je značajno da njegove jako degradirane površine obrašćuje vegetacija kamenjarskih pašnjaka submediteranskog karaktera. Najveći dio degradiranih površina zauzele su dvije zajednice. Jedna je zajednica kovilja i ljekovite kadulje s kostrikom i mogorušem (Stipo-salvietum officinalis brachypodietosum ramosi) - vezana za razmjerno jako degradirane vapnenačke kamenjare s plitkim tlom izložene udarima vjetra.
Druga zajednica, zajednica vlasulje i smilice s mogorušem (Festuco koelerietum splendentis brachypodietosum ramosi), vezana je za površine koje su relativno manje degradirane od prethodne zajednice.
Obje biljne zajednice sa svojim karakternim vrstama razvile su se na velikim površinama koje su služile, a i danas služe kao pašnjaci. Upravo ove dvije zajednice ljeti imaju izgled «pustih» kamenjara i površnom promatraču izgledaju prividno bez života, a nastale su kao krajnji stadij u procesu degradacije šumske vegetacije iako već upada u oči kako su ti kamenjarski pašnjaci kao karakterističan element krškog krajolika «napadnuti» od pionirske vegetacije gariga i makije.
Iako se flora Nacionalnog parka Kornati proučava već dvijestotinjak godina, ipak ona još uvijek nije u potpunosti poznata. Najviše proučavana vaskularna flora (papratnjače i sjemenjače) do sada uključuje preko 650 biljnih svojti.
«Značajnije» - (ako se uopće može nešto proglasiti značajnijim ili manje značajnim, jer svaka vrsta ima svoje mjesto u prirodi) - biljne vrste ovog područja su: dubrovačka zečina (Centaurea ragusina), bijela šupaljka (Corydalis acaulis), pustenasto devesilje (Seseli tomentosum), jadranska perunika (Iris adriatica), ilirska perunika (Iris illyrica), srebroliki slak (Convolvulus cneorum), višecvjetni sunovrat (Narcissus tazetta), drvenasta mlječika (Euphorbia dendroides), vrste iz porodice kaćunovica - Orchidaceae i mnoge druge.