Tijela Ustanove su Upravno vijeće, ravnatelj i stručni voditelj.
Upravno vijeće upravlja Ustanovom, te donosi sve važne dokumente i odluke u vezi upravljanja. Sastoji se od pet članova koje imenuje Ministar gospodarstva i održivog razvoja, a svoje odluke donosi na sjednicama Upravnog vijeća.
Članovi Upravnog vijeća Javne ustanove Nacionalni park "Kornati" su:
- Goran Pauk, dipl. oec.– Predsjednik Upravnog vijeća
- Anita Babačić Ajduk – član
- Miroslav Kokić , član
- Snježana Šimunić, član
- Braslav Markov – član
Djelatnost
Djelatnost Ustanove je zaštita, održavanje i promicanje Nacionalnog parka u cilju zaštite i očuvanja izvornosti prirode, osiguravanja neometanog odvijanja prirodnih procesa i održivog korištenja prirodnih dobara, te nadzor provođenja uvjeta i mjera zaštite prirode na području kojim upravljaju u skladu sa zakonom.
Ustanova se ustrojava kao jedinstvena pravna osoba.
Za obavljanje određene vrste međusobno povezanih poslova te općih, tehničkih i pomoćnih poslova većeg opsega, čije obavljanje zahtjeva određeni stupanj samostalnosti i povezanosti u radu u Ustanovi se osnivaju unutarnje ustrojstvene jedinice.